שילוח מ - Kerkyra, Kerkira, Ionian Islands, יון ל - Auschwitz Birkenau, מחנה השמדה, פולין ב- 10/06/1944

מבצע הגירוש החל ב-8 ביוני והושלם כשבוע לאחר מכן. ביצוע התכנית התעכב בשל קשיים בתעבורה הימית. במהרה גם התפוגגו גם חששותיהם של הגרמנים מתגובה אפשרית של תושבי האי הלא-יהודים. בדוח מצב שפורסם ב-27 באפריל 1944 מטעם מפקדת קורפו של משטרת השדה החשאית ה-621 נכתב: "כפי שידוע היטב, האוכלוסייה היוונית קיבלה את גירוש היהודים מיוון היבשתית. הקשיים הצפויים קשורים אך ורק למחסור באפשרויות הובלה". בשל מיקומו הגיאוגרפי המבודד של קורפו סבלו תושבי האי ממחסור במזון, והפחתה ניכרת זו בכמות האנשים הייתה צפויה להתקבל אפוא בברכה. בדוח מ-28 באפריל 1944 ששלחה מפקדת הקורפוס הצבאי ביאנינה (Korpsgruppe Ioannina, Abt. Ic) לפיקוד העליון של הצבא (Oberkommando Heeresgruppe E) הודגש שגירוש היהודים "ישפיע במידה ניכרת גם על אספקת המזון. הס"ד וה-GFP (משטרת השדה החשאית, Geheime Feldpoizei) עסוקים בימים אלה בהשלמת ההכנות לגירוש היהודים". אך בכל זאת התעוררה תגובה. במכתב ארוך מ-14 במאי 1944 ביטא המפקד הצבאי של האי אוברשטורמפיהרר אמיל יגר (Obersturmführer Emil Jaeger) את ספקותיו בנוגע לגירושם של יהודי קורפו, לאחר שאת הפקודה לביצועו הורה הרייכספיהרר ס"ס היינריך הימלר, והיא הועברה אליו באמצעות ס"ס אוברשטורמפיהרר פאול פון מנובסקי ב-13 במאי 1944. במכתב המליץ יגר לדחות את הגירוש ל"פרק זמן בלתי מוגדר" והביא כמה סיבות להמלצתו: מחסור בכלי שיט; הצורך החמור והדחוף מאוד להתמודד עם החיילים האיטלקיים שנותרו באי; שחיתותם של החיילים הגרמניים שמקבלים שוחד מיהודים; ההתנגדות הפסיבית של היוונים שמאיישים את הספינות וחשים סולידריות כלפי היהודים; ונוכחותה של ספינת הצלב האדום בנמל, שעלולה להפיץ "תעמולת זוועה". קצין ה-ס"ס אנטון בורגר (SS Obersturmführer Anton [Toni] Burger), מי שהחליף את דיטר ויסליצני (Dieter Wisliceny) בתור האחראי לגירושם של היהודים שנותרו ביוון, צפה מראש את חששותיו של יגר וביקש ממפקדת הצי (Marinediensstelle) לספק ליגר את כלי השיט הדרושים. ב-13 במאי 1944 נסע בורגר לקורפו וביקש מאדמירל הצי האגאי פריץ לנגה (Fritz Lange) לדאוג לספק עוד כלי שיט כדי להשלים את המבצע. ב-24 במאי 1944, בלא הודעה מוקדמת, הגיעו לקורפו כלי השיט הנוספים שנשלחו מטעם מפקדת הצי.. לצד משלוח הספינות נשלחה הוראה מטעם הפיקוד הכללי (General Kommando XXII), ובה נאמר שמעתה והלאה האחראי היחיד לביצוע תכנית הגירוש יהיה ס"ס אוברשטורמפיהרר אנטון בורגר. ביזמת אדמירל הצי האגאי (Ägäis) נלקחו הספינות מקורפו חמישה ימים אחר כך בשל עיכוב בביצוע התכנית, ונשלחו שוב רק באמצע יוני....