זמן קצר לאחר הניסיון שנכשל החלו הגירושים מהמבורג בתכנית הגירושים הכלל-ארצית. גל השילוחים הראשון מהמבורג יצא בימים המעטיםתקופה הקצרה מסוף אוקטובר עד תחילת דצמבר. היו בו ארבעה שילוחים גדולים בסך הכול: שילוח ללודז' (Lodz), שני שילוחים למינסק (Minsk) ושילוח לריגה (Riga). מגל זה נותרו בחיים ניצולים מעטים מאוד. בתכניות המקוריות היו אמורים לגרש 60,000 יהודים מן הרייך ללודז', אבל בעקבות מחאותיו של הגאולייטר גרייזר, צומצם המספר ל-25,000.
באמצע ספטמבר שלח הגסטפו הוראות למפקדותיו המחוזיות (Gestapo-Leitstellen), ובהן הוא דרש להכין את ההכנות הנחוצות לקראת השילוחים הקרבים. במכתב גם הוגדרו הקבוצות שהיו פטורות מגירוש: יהודים שנשואים "נישואי תערובת" וילדיהם ה"יהודים למחצה", יהודים בעלי אזרחות זרה, עובדים בתעשיית המלחמה ויהודים בני 65 ומעלה....