באמצע אוגוסט 1942 הסכימו השלטונות הגרמניים לגרש יהודים חסרי נתינות (למשל גרמנים) לפני יהודים ילידי הולנד. באמצע אוגוסט גם זימן אליו וילהלם צפף (Wilhelm Zöpf), ראש האגף לענייני יהודים בהולנד, את מפקד משטרת הביטחון ושירות הביטחון (Commander of Security Police and Security Service in Amsterdam) באמסטרדם, וילי לאגס (Willy Lages), ואת ראש הלשכה המרכזית (Zentralstelle), פרדיננד אאוס דר פינטן (Ferdinand aus der Fünten). הוא הורה להם בשם הארסטר להפעיל באופן מיידי את משטרת הביטחון (SIPO) ואת הלשכה כדי לעצור ולסלק את היהודים מבתיהם. היהודים, שהרגישו מה מתכננים להם הגרמנים, נטו פחות ופחות לשתף פעולה ולהתייצב בנקודות הכינוס או בתחנות הרכבת ל"משימות העבודה" ("Arbeitseinsatz" – הלשון הנקייה שבה כונה הגירוש אצל הגרמנים). הוראתו של צפף בוצעה לראשונה בלילה של 1 בספטמבר. גדוד משטרת אמסטרדם בפיקודו של ראש משטרת אמסטרדם זיברן טולפ (Sybren Tulp) נקט שיטה חדשה שנועדה לאפשר את מילוי מכסת היהודים המגורשים שדרש ה-RSHA. עד אז זומנו היהודים באמצעות הודעות בכתב, אך מכאן ואילך הם נלכדו בבתיהם בערב, בשעות העוצר. הלשכה המרכזית העבירה לתחנות המשטרה רשימות כתובות שהתבססו על תיקי הרישום של מועצת היהודים. בשלב חדש זה של זימונים לגירוש היה מספר המגורשים בספטמבר גבוה ממספר המגורשים באוגוסט, בעיקר באמסטרדם, שבה נערכו פשיטות גם בשעות היום.
ב-2 בספטמבר 1942 פורסמה רשימת החפצים שהותר לקחתם לשילוח גם בשבועון היהודי Het Joodsche Weekblad, שיצא לאור מטעם מועצת היהודים והיה העיתון היהודי היחיד שהותר לפרסמו בהולנד. בין החפצים שהוזכרו ברשימה הותר לקחת מזוודה, נעלי עבודה, קערת מזון, אספקת מזון לשלושה ימים ועוד. רשימת החפצים הזאת שיוותה לגירוש מסווה של שילוח לעבודה.
רוב האנשים שנעצרו באמסטרדם נלקחו תחילה לתיאטרון ההולנדי (Joodse Schouwburg), כפי שאירע גם בשילוחים הקטנים יותר שהגיעו מן המחוזות המערביים. מדי יום שוכנו במבנה התאטרון לשעבר 300–400 איש בממוצע ביום, ומנובמבר 1941 כולם היו יהודים. מיולי 1942 שימש מקום זה אתר הכינוס המרכזי של אמסטרדם, והממונה עליו היה אאוס דר פינטן. אחרי כמה ימים נלקחו המגורשים לווסטרבורק דרך התחנה המרכזית של העיר....