הילדים שוכנו בצריפי עץ בקרטה (Kreta), חלק נפרד בגטו, וקבוצה שהורכבה מ-54 מטפלים מצוות הרפואה וממדריכי הנוער בטרזיינשטט, הופקדה על הטיפול בהם. תושבי טרזיינשטט צוו לא ליצור קשר עם הילדים או עם מטפליהם, ולמי שהפר את הצו הזה היה צפוי עונש מוות. בגטו נוצר הרושם שהילדים ומטפליהם יישלחו לחוץ לארץ: לשווייץ או לארץ ישראל. המטפלים נדרשו כנראה לחתום על הצהרה שנועדה לשוות אמינות לתרמית הזאת. קרל לוונשטיין (Karl Löwenstein, ראש מחלקת הבטחון של ההנהגה היהודית) טוען שאלה היו התחייבויות לשמור על חשאיות ההתרחשויות בטרזיינשטט, ואילו גונדה רדליך (Gonda Redlich, ראש מחלקת הנוער בהנהגה היהודית) טוען שהמטפלים חתמו על הצהרה שלא יאחזו בנשק נגד הרייך הגרמני.
ב-5 באוקטובר 1943, שישה שבועות לאחר הגעתם, הוצאו הילדים מצריפיהם והובלו ברגל לתחנת הרכבת בבוהושוביצה (Bohusovice, Bauschowitz), ששוכנת כשלושה קילומטרים מטרזיינשטט. גם יציאתם, כמו הגעתם, נעשתה במעטה חשאיות.
פטר הכט (Peter Hecht), מי שנשלח מטעם מועצת היהודים להשקיף על השילוח, העיד שראה בבוהושוביצה את הילדים נהדפים באכזריות בידי שומרי המחנה וראש הז'נדרמים הצ'כיים לשמונה קרונות בקר צפופים....