נכון שכבר בפברואר 1943 החלו לצאת שילוחים מביאליסטוק למחנה ההשמדה טרבלינקה, אבל חיסולו הסופי של הגטו התרחש באוגוסט 1943. כוחות ס"ס וכוחות אוקראיניים כיתרו את הגטו בשעת בוקר מוקדמת ב-16 באוגוסט והורו לכל התושבים להתייצב מחוץ לגטו, באתר הכינוס ברחוב יורובייצקה (Jurowiecka). מכאן הועברו תושבי הגטו למחנות עבודה ולאתרי רצח, ורובם נרצחו בהם.
הדסה לבקוביץ (Hadassah Levkovitz), מזכירתו של אפרים ברש, ראש מועצת היהודים (היודנראט) בביאליסטוק, העידה שהס"ס דרש שהמועצה תמסור לידיהם 1,200 ילדים. באופן לא רשמי נאמר להם שהילדים יישלחו לארץ ישראל ויוחלפו באזרחים גרמניים. לבקוביץ, ניצולה מן השילוח הזה, העידה שלצורך זה נלקחו 400 יתומים משני בתי היתומים שבגטו, ואליהם הצטרפו 800 ילדים שהובאו בידי הוריהם כדי לנסות להציל את חייהם. לעומת זאת, ניצולה אחרת משילוח זה, הלה וולקנברג (Hella Wolkenberg), טוענת בעדותה שבאתר הכינוס דרש כוח השיטור היהודי (Ordnungsdienst) שכל הילדים יופרדו ממשפחותיהם ויוחזרו אל הגטו; כמה משפחות מסרו את הילדים מרצונן, אך ברוב המקרים הופרדו הילדים ממשפחותיהם בכוח הזרוע.
צוות קטן של מטפלים ואנשי רפואה הורכב, ובהם לבקוביץ, וולקנברג ועוד כ-20 אנשים. בין המטפלים היו משפחות בעלות ניירות זרים ואשרות הגירה לארץ ישראל. הילדים והמטפלים שוכנו באתר כינוס נפרד ברחוב פבריצ'נה (Fabryczna) 10....