יהודה באואר הוא מבכירי החוקרים בנושאי השואה, האנטישמיות ותנועות ההתנגדות היהודיות בזמן השואה.
הוא נולד ב-Prague, צ'כוסלובקיה והיגר עם משפחתו לארץ ישראל ב-1939.
באואר למד בבית ספר תיכון בחיפה, ואחר כך הצטרף לשורות הפלמ"ח. הוא למד באוניברסיטת Cardiff שב-Wales, ועצר את לימודיו כדי ללחום במלחמת העצמאות ב-1948. לאחר מכן השלים את לימודיו. הוא שב לישראל להמשך לימודיו. קיבל תואר ד"ר מהאוניברסיטה העברית ב-1960 בנושא המנדט הבריטי בארץ ישראל, והחל ללמד במכון ליהדות זמננו באוניברסיטה העברית.
היה פרופסור אורח באוניברסיטאות שונות, ומשמש יועץ אקדמי ליד ושם. עורך מייסד לכתב העת לחקר השואה ורצח העם, ונמנה עם עורכי האנציקלופדיה של השואה שנדפסה בהוצאת יד ושם ב-1990.
ב"אוסף יהודה באואר" מקרים ראשוניים, סקיצות ותיעוד בנוגע לפרסומים שונים שלו בנושאי אנטישמיות, שואה, התכנון והארגון של חיסול יהדות אירופה, בפרט בסלובקיה ובהונגריה, נסיונות הצלה, פרשת קסטנר / ברנד, תנועות התנגדות יהודיות, "הבריחה" ונושא השואה מן ההיבט ההיסטורי.
בנוסף, באוסף תכתובות שלו עם חוקרי שואה אחרים.