האחריות על גירוש היהודים נמסרה לידי המדור היהודי (שסימולו IVD1) במטה הגסטפו בברלין, בראשות ס"ס-האופטשטורמפירר גרהרד שטיבס (Gerhard Stübs) וסגנו פרנץ פריפר (Franz Prüfer). הגירוש נעשה בתיאום עם המדור היהודי במשרד הראשי לביטחון הרייך שבראשות אדולף אייכמן.
המשימה של קביעת רשימות המגורשים הוטלה על נציגי הקהילה היהודית של ברלין, ואלה נאלצו לבחור כמה אלפי שמות מתוך אנשי הקהילה. הקהילה היהודית נדרשה גם לדאוג לאספקת מזון בסיסית ולצורכי המגורשים בזמן הנסיעה.
לפני השילוח קיבלו המגורשים הודעה על שילוחם הקרוב בצירוף ההוראות הרגילות שהתלוו לשילוחים מהרייך, בכלל זה הגבלת המטען שיוכלו לקחת עמם לעד 50 קילוגרמים. הם קיבלו גם טופס שבו נדרשו לפרט את נכסיהם הנותרים. במקרים רבים הובאו היהודים לנקודת הכינוס בידי אנשי גסטפו או בידי סדרנים – יהודים שנדרשו לסייע בתהליך הגירוש. אלה נכנסו בכוח לבתיהם של היהודים ששמותיהם הופיעו ברשימת הגירוש וּוידאו שהללו יעשו את ההכנות הדרושות לשילוח. הקרבנות קיבלו דקות ספורות להתכונן ולעזוב את בתיהם לנצח. במקרים כאלה הם יכלו לקחת עמם רק כמות קטנה מאוד של מטען....