הגירוש יצא ב-22 בנובמבר 1941 מפרנקפורט לקובנה בליטא הכבושה, והוא היה הגירוש השלישי שיצא מן העיר, ימים ספורים אחרי הגירוש השני, ובו יותר מ-900 יהודים. יאקוב שפרנגר (Jakob Sprenger), הגאולייטר (מנהיג מפלגה נאצית מקומי) בהסה-נסאו (Hesse-Nassau) שאף שהמחוז שלו, ובייחוד פרנקפורט, יהיו "חופשיים מיהודים" (judenfrei) בהקדם האפשרי. רכבת הגירוש הוזמנה מטעם ה-RSHA לנסוע לריגה ב-21 בנובמבר 1941, ורישומה ברישומי ה"רייכסבאן" (חברת הרכבות הגרמנית) היה "Da 28". עם זאת, בשל הצפיפות הרבה שהייתה בריגה באותם ימים, שונה יעד הגירוש והרכבת נסעה לקובנה.
אחרי המלחמה הכין הממשל הצבאי האמריקאי רשימת גירוש לפי רישומים שנמצאו במטה המשטרה בפרנקפורט. במסמך זה נרשמו 992 יהודים מפרנקפורט; בעותק אחר נרשמו 988 יהודים. גיל המגורשים הממוצע היה 48, אך גורשו גם קשישים רבים, ועובדה זו מאששת את הנחתה של ההיסטוריונית מוניקה קינגרין (Monica Kingreen), שאחד הקריקטריונים לגירוש היה התלות בשירותי הרווחה. ידוע לנו שארנסט הולנד (Ernst Holland), איש ס"ס ופקיד בעירייה, ומי שהיה המפקח מטעם הגסטפו על מחלקת הרווחה ומוסדות הצדקה של הקהילה היהודית בפרנקפורט, גילה להיטות לגרש יהודים רבים ככל האפשר. בשילוח זה מפרנקפורט היו 59 פעוטות וילדים בני 10 ומטה, והקטן שבהם היה בן פחות משמונה חודשים.
מילותיה האחרונות של ברטה אופנהיימר (Bertha Oppenheimer) בת ה-69 מפרנקפורט, שלא הצליחה לעזוב את גרמניה לפני השואה, הן מילות הפרדה שכתבה ב-18 בנובמבר 1941 לילדיה שבארה"ב:...