ב-15 במרס 1943 יצא השילוח הראשון מ-19 שילוחים שיצאו מסלוניקי לאושוויץ. יוסף ישועה (Joseph Echoua), מגורש בשילוח זה, מספר שיומיים לפני היציאה זימן הרב קורץ בבהילות את הנהלת הקהילה וועדה מיוחדת, כדי לנסות להציל את היהודים. הוחלט לאסוף כופר בסכום מחצית מן ההון היהודי כדי לשאת ולתת עם הגרמנים, אך המפקד הצבאי של סלוניקי מקס מרטן סירב להצעה. ב-14 במרס 1943 נקרא הרב קורץ למשרדי שירות הביטחון ונדרש להודיע לתושבי גטו ברון הירש על יציאתם המידית לקרקוב בפולין. "כולנו נקראנו לבית הכנסת בשכונת הברון הירש ושם הודיעו לנו על יציאתנו המידית לקרקוב [...] הכול קוננו על מר גורלם והכו על חזם", מספר ישועה.
השילוח יצא לדרך ב-11:00 בבוקר. למגורשים הותר לקחת אתם סכום מסוים של זלוטים פולניים שנרכשו בתמורה לדרכמות יווניות, ונאסר עליהם במפורש לקחת זהב, מטבעות אחרים או אבנים יקרות. את כרטיסי הנסיעה רכשו בכסף שקיבלו ממכירת חיסול של נכסיהם, ואנשי הרכבת הממלכתית של יוון - האחראית לשילוח הרכבות מיוון – מסרה להם אותם.
השילוח הראשון יצא מתחנת הרכבת בסלוניקי, ובו כ-2,800 יהודים ב-40 קרונות בקר, כ-70 מגורשים בכל קרון. לאחר 5 ימים הגיעה הרכבת לאושוויץ. ביום היציאה שלח הקונסול הכללי של גרמניה מכתב למשרד החוץ בברלין, ובו תיאר את המבצע המוצלח: "גירושם של כ-56,000 יהודים בעלי אזרחות יוונית החל היום עם גירושם של כ-2,600 יהודים מסלוניקי. על פי התכנון, ארבעה שילוחים עתידים לצאת בכל שבוע, וכל המבצע יושלם בתוך שישה שבועות"....