בחודש יוני 1943, ברלין הוכרזה "חופשייה מיהודים" (יודנריין). כ-9,529 יהודים [על-פי חוקי נירנברג], נותרו בגרמניה, מהם כ-6,790 התגוררו בברלין. בברלין נותרו בעיקר בני זוג יהודים בנישואים מעורבים, צאצאיהם ה"מישלינגה" (בני התערובת), מי שנחשבו בחזקת יהודים ( Geltungsjuden), וסגל הקהילה היהודית שעבד בבית החולים. בנוסף להם היו בברלין למעלה מ-2,000 יהודים שחיו במחתרת.
ב-10 ביוני 1943 סגרו הרשויות הנאציות את משרדי הקהילה היהודית בברלין שבאורניֶנבורגר שטראסֶה (Oranienburger Strasse) וה"ההתאחדות הארצית של היהודים בגרמניה" (Reichsvereinigung der Juden in Deutschland) שמושבה בקאנטשטראסֶה (Kantstrasse). בד בבד הוחרמו כל הנכסים שנותרו בידי הקהילה. בית החולים היהודי באירנישה שטראסֶה (Iranische Strasse) מס' 4-2 ברובע ודינג (Wedding) ובתי האבות הסיעודיים המסונפים אליו באוגוסטשטראסֶה (Auguststrasse) מס’ 15-16 ובאֶלסֶזרשטראסֶה (Elsasserstrasse) מס’ 54 , בהנהלת וולטר לוסטיג (Walter Lustig) , נותר המוסד היהודי האחרון הפעיל בברלין. בית החולים ובתי האבות המשיכו לפעול ממרס 1944 ועד לסוף המלחמה כאתר כינוס למגורשים, בית כלא, בית יתומים, ובית-חולים.
בחודש יוני 1943 שילח הגסטפו מברלין לטרזיינשטט שני שילוחים "קטנים" שבכל אחד מהם היו 100 יהודים, וכן שילוח אחד גדול יותר שבו היו 429 יהודים. בסך הכל, במהלך חודש יוני גורשו מברלין לטרזיינשטט 629 יהודים....