השילוח יצא מתחנת פריז-בוביניי ב-20 בינואר 1944 ובו 1,153 מגורשים. רוב המגורשים היו בעלי אזרחות צרפתית, אך גם יושמה בו בפעם הראשונה התכנית לגירוש היהודים מצרפת בלא קשר לאזרחותם. בשילוח גורשו יחידים ומשפחות שנעצרו במעצרים הרבים שנערכו בדצמבר 1943 ביותר מחמישים מחוזות: באזור פריז, בדרום-מזרח צרפת, בליון ובבורדו. את המעצרים בצעו המשטרה הצרפתית והמשטרה הגרמנית, והמהירות שבה גורשו העצורים מורה על שינוי בתכיפות הגירושים משילוח זה ואילך.
רנה בוסקה (René Bousquet), שעד 1 בינואר 1944 היה מפכ"ל משטרת וישי וניסה לשמר את האוטונומיה של המשטרה הצרפתית בנוגע למעצרים, השהה את אכיפת צעדי הגירוש נגד היהודים בעלי האזרחות הצרפתית. מחליפו היה ג'וזף דרנן (Joseph Darnand), מייסד המיליציה הצרפתית, קצין-לשם-כבוד בוואפן-ס"ס ושונא יהודים מובהק. מינואר 1944 נערכו מעצרי יהודים מתוך שיתוף פעולה בין המשטרה הצרפתית ובין המשטרה הגרמנית, וכן בהשתתפות פעילה של אנשי המיליציה, שלא היו בתחום שליטתם של הפריפקטים האזוריים.
התגברות המעצרים מינואר 1944 ניכרה במיוחד בעיר בורדו (Bordeaux). על המעצרים הללו דווח במשפטו של מוריס פפון (Maurice Papon), מושל מחוז בדרום מערב צרפת, ב-1998. ב-10 בינואר 1944 נעצרו 317 יהודים שנכלאו בבית הכנסת של העיר, והם שהו שם עד 12 בינואר. משם הועברו לתחנת הרכבת בורדו-סנט ז'אן (Bordeaux –Saint Jean), ומשם לבוביני ב-24 קרונות בקר, מלווים ב-44 שוטרים צרפתים וגרמנים, בנסיעה שארכה 25 שעות....