ההודעה על השילוח נמסרה בפקודות היום של ההנהגה היהודית ב-27 בספטמבר 1942, שם נטען גם כי המגורשים יועברו לגטו אחר. בשעות הבוקר של אותו היום, קיבלו תושבי הגטו שיועדו לגירוש הוראה חפציהם ולהירשם לשילוח במשרדי ההנהגה היהודית בקסרקטין מגדבורג (Magdeburg Kaserne). בקסרקטין יכלו המגורשים להגיש ערר, ולעתים יכלו קרוביהם לבקש גם להצטרף לשילוח ולהתייצב באתר ההסגר ("שלויזה") בקסרקטין אאוסיג (Aussiger Kaserne), ובו הורו להם להמתין עד יום השילוח.. המגורשים קיבלו מספרי זיהוי חדשים תחת מספרי הזיהוי שקיבלו כשנשלחו לטרזיינשטט, והיה עליהם לענוד אותם סביב צוואריהם. סדרנים ממחלקת רישום השילוחים סייעו לקשישים ולנכים לארוז את חפציהם, ולפי הצורך גם נשאו אותם אל אזור הרישוםאתר ההסגר. מקסרקטין מגדבורג נשלחו המגורשים לרישום נוסף במשרדי הס"ס. לאחר רישום זה הם הועברו לאתר ההסגר ("שלויזה") בקסרקטין אאוסיג (Aussiger Kaserne), ובו הורו להם להמתין עד יום השילוח. במהלך ההסגר הצליחה לעתים ההנהגה היהודית להעביר צידה ואספקה למגורשים.
השילוח סומן בסימן Bs, והוא יצא מגטו טרזיינשטט ב-29 בספטמבר 1942 והגיע אל טרבלינקה ב-1 או ה-2 באוקטובר. שילוח זה היה השילוח החמישי בסדרה של שמונה שילוחים של יהודים קשישים (Alterstransporte), והיו בו 2,000 תושבים מגטו טרזיינשטט שגורשו קודם לכן מגרמניה ומאוסטריה, בהם 495 מגורשים מחבל הסן-נסאו, 498 מוינה ו-348 מברלין. הגיל הממוצע של המגורשים היה 72.
ביום השילוח נאלצו המגורשים שהיו כשירים להליכה לצעוד כ-3 ק"מ מחוץ לגטו אל תחנת הרכבת בוהושוביצה (Bohusovice, Bauschowitz), והם הועלו בה על קרונות רכבת שהמתינו להם. המגורשים שלא היו כשירים להליכה נלקחו אל התחנה במשאיות יחד עם המטען. תושב הגטו מקס ברגר (Max Berger) העיד שחלק מן הקשישים מתו בדרך לתחנת הרכבת, ובכל זאת הם הועלו אל הקרונות כדי למלא את מכסת המגורשים הנדרשת....