השילוח השני משבעת השילוחים לניסקו יצא מקטוביצה שבפולין הכבושה יומיים אחרי השילוח הראשון, ב-20 באוקטובר 1939. הוא נערך בהוראת אייכמן ואורגן בידי הסניף המקומי באוסטרבה של הלשכה המרכזית להגירת יהודים בפראג (Zentralstelle für jüdische Auswanderung in Prag, Zweigstelle Mährisch-Ostrau). קטוביצה סופחה לרייך ונעשתה בירתו של המחוז החדש שלזיה עילית, אך את הגירוש הראשון של יהודי המקום לא ביצע גסטפו קטוביץ. על פי תזכיר של הלשכה המרכזית בפראג מ-6 באוקטובר, ראש הגסטפו בברלין, ס"ס-אוברפירר היינריך מילר (SS-Oberführer Heinrich Müller), הורה ללשכה המרכזית באוסטרבה לארגן את גירושם של 80,000-70,000 היהודים שחיו אז במחוז קטוביץ. המסמך מזכיר שמבצע זה נועד לשמש תכנית הרצה לכל הגירושים ההמוניים העתידים לבוא ומדגיש את האפשרות להתחיל את תכנית הגירוש בקטוביצה בד בבד עם הגירושים מאוסטרבה ומסביבותיה. המרחק בין שתי הערים הוא כמאה קילומטרים.
סגנו של אייכמן, ס"ס-שטורמבנפירר רולף גינתר (Sturmbannführer Rolf Günther), ששירת בלשכה המרכזית בפראג ובאוסטרבה, דאג להקצות את קרונות הנוסעים ואת קרונות המטען לשילוח הראשון ולשילוח השני בעזרת הנהלת הרכבת המקומית של הרייכסבן (חברת הרכבות הגרמנית, Reichsbahn) באופלן (Oppeln [אופולה, Opole]). הזמנת הקרונות אושרה ב-11 באוקטובר. ב-16 באוקטובר התקבל האישור שרכבת שהורכבה מ-22 קרונות נוסעים מחלקה שלישית, מ-2 קרונות מחלקה שנייה ליחידות השומרים ומ-5 קרונות מטען, תהיה מוכנה בקטוביצה ב-19 באוקטובר. ב-18 באוקטובר, היום שבו יצא השילוח הראשון מאוסטרבה, נסע גינתר מאוסטרבה לקטוביצה כדי להשלים את ההכנות ולפקח על גירוש היהודים מקטוביצה ומערים אחרות במזרח שלזיה עילית. יהודי אותם אזורים בשלזיה, שהיו חלק מן הרייך עוד לפני הכיבוש - ערים כמו גלייביץ (Gleiwitz), בויטן (Beuthen) והינדנבורג (Hindenburg) - לא גורשו. באותו ערב הודיע גינתר בטלפרינטר לאייכמן, ששהה אז בקרקוב, שבשילוח יגורשו 374 יהודים מקטוביצה, 198 יהודים מחוז'וב (Chorzów [קניגסהוטה, Königshütte]) ו-457 יהודים מביילסקו (Bielsko [ביליץ, Bielitz]), ושהם ממתינים לגירוש בקטוביצה. גינתר גם הודיע שהשילוח יצא לדרכו ביום שישי, ב-20 באוקטובר, בין 6:00 ל-8:00 בבוקר.
הקהילות היהודיות בקטוביצה, בחוז'וב ובביילסקו נדרשו לאסוף 1,029 יהודים עד 19 באוקטובר. המועמדים לגירוש כונסו בקטוביצה, בבית הספר לרכיבה ברחוב רָצִ'יבּוּז'קה (Raciborska [רטיבוררשטראסה, Ratiborerstraße]), סמוך לתחנת הרכבת. לכל מגורש הותר לקחת עמו 300 רייכסמרק וחפצים אישיים שמשקלם עד 50 ק"ג....