השילוח השני מאוסטרבה לניסקו (החמישי משבעת השילוחים לניסקו) יצא ב-26 באוקטובר. הוא נעשה בהוראת אייכמן ואורגן בידי השלוחה באוסטרבה של הלשכה המרכזית להגירת יהודים בפראג (Zentralstelle für jüdische Auswanderung in Prag, Zweigstelle Mährisch-Ostrau) שבראשות ס"ס-האופטשטורמפירר הנס גינתר (SS-Hauptsturmführer Hans Günther). אייכמן הודיע על השילוח לאנשיו בפעם הראשונה ב-9 באוקטובר, והוא גם הזכיר תכנית לשילוח שני ובו 1,000 יהודים בתוך זמן קצר.
מיד לאחר יציאת השילוח הראשון מאוסטרבה ב-18 באוקטובר הודיע אנטון ברונר (Anton Brunner), מאנשי מחלקתו של אייכמן בווינה שהוצב זמנית באוסטרבה, לראש הקהילה היהודית סלו קרמר (Salo Krämer), שכל היהודים הכשירים בגופם, גברים ונשים כאחד, עתידים להישלח ליישוב מחדש בפולין. הוא הורה לקרמר להאיץ את תהליך הרישום ולמסור את הרשימה הנדרשת עד 22 באוקטובר. ההכרזה שגם נשים יגורשו עוררה סערה גדולה בקהילה, ובימים שלאחריה נמלטו מאות יהודים לפראג ולמקומות אחרים. כתבים זרים הגיעו לעיר, ואפילו העיתונים הנאציים המקומיים, שלא נהגו לפרסם ידיעות בלא אישור מן ההנהגה, פרסמו דיווחים לא מוסמכים על התרוקנות אוסטרבה מיהודיה. לאחר מכן נזף ברונר בעיתונאים ואף איים עליהם, וטען שכל היהודים נרשמו לנסיעה מרצונם.
ב-19 באוקטובר בערב נעצרו כל התכניות לשילוחים נוספים לניסקו על פי פקודת הס"ס-אוברפירר היינריך מילר (Heinrich Müller) מן ה-RSHA. הוראה זו הופנתה לאייכמן, והיא חייבה "תיאום מרכזי" וקבלת הסכמה מן ה-RSHA בנוגע לכל גירוש המוני עתידי. אייכמן מצדו סירב למלא את ההוראה בלא פקודה אישית ממילר, ולפיכך נסע ב-22 באוקטובר להתייעצויות בברלין. בינתיים הורה לס"ס-שטורמבנפירר רולף גינתר (SS-Sturmbannführer Rolf Günther) - אחיו הצעיר של הנס גינתר, ומי ששירת בלשכה המרכזית בפראג ובסניף אוסטרבה - להמשיך בהכנות לשילוח. אחרי יציאתו של אייכמן לברלין קיבל גינתר את רשימת הנשים המועמדות לגירוש מאוסטרבה. עם זאת, מכיוון שאייכמן לא ביקש רק נשים לגירוש, ולאור העובדה שלא היו די מועמדים לגירוש מאוסטרבה עצמה, הורה גינתר לגסטפו ברנו (Brno [ברין, Brünn]) למצוא כמאתיים אסירים נוספים לגירוש, ובהם יהודים שניסו להימלט מאוסטרבה ונעצרו. בנוגע לכל האחרים החליט להמתין להוראותיו של אייכמן....