כשהושלמו ההכנות למבצע, כותרו כל הערים שבהן חיו יהודים בתראקיה ובמזרח מקדוניה בידי צבא בולגריה ב-4 במרס 1943. ברוב המקומות החל המבצע באישון לילה, כדי להבטיח את הצלחתו. האחריות לביצוע המבצע בקסנטי הוטלה על מפקד המשטרה המקומית דז'מדז'ייב (Dzhamdzhiev), ובפיקודו עברו צוותים של שלושה שוטרים מבית לבית, העירו את היהודים והורו להם להיות מוכנים בתוך חצי שעה; בכמה מקרים אפילו מעט זמן זה לא ניתן למשפחות, והן יצאו כמעט בלא מטען. ההסבר שניתן ליהודים היה, שהם מועברים למגורים זמניים במקומות אחרים בשטח בולגריה. בתיהם ננעלו ונחתמו, וכל המשפחות נלקחו למחנה זמני שאורגן בידי הקומיסריאט ונציגו דוברי פטב (Dobri Petev) במחסן טבק בבעלות חברת אודוני (Odoni) ברחוב סלמינאס (Salaminas).
במחסן חיפשו שוטרים ונציגי הממשל הבולגרי המקומי בגופם ובמטעניהם של היהודים והחרימו את כל הכסף וחפצי הערך שנמצאו ברשותם. 12 יהודים נוספים הגיעו מן העיר הסמוכה כריסופולי (Chrysoupoli), וגם הם נשלחו מתחנת הרכבת בקסנטי. כל המגורשים נכלאו במחסן כמעט שלושה ימים, עד 7 במרס, כשהועמסו על רכבת ונשלחו לכיוון הגבול הבולגרי.
אל יהודי קסנתטי וכריסופולי הצטרפו כ-400 יהודים מקוולה (Kavala). כל המגורשים הגיעו לסידירוקסטרו (Sidirokastro), ושם הועברו לשתי רכבות קטנות יותר שלקחו אותם במסילה הישנה והצרה אל העיר סימיטלי (Simitli) שבדרום בולגריה. זו הייתה העברת הרכבות הראשונה מכמה העברות רכבת שיהודי מקדוניה ותראקיה ייאלצו לחוות בדרכם לפולין. מסימיטלי הועברו המגורשים אל מחנה המעצר הזמני בדופניטסה (Dupnitsa). ההעברות בסידירוקסטרו ובסימטילי מקרונות רגילים לקרונות פתוחים, ואחר כך החזרה לקרונות מטען, בוצעו באכזריות בידי שוטרים בולגריים בתחנות הרכבות. המגורשים נאלצו לעבור מרכבת לרכבת במהירות, ואחר כך הושארו שעות בתוך הקרונות באוויר המקפיא....
И. Хаджийски, Съдбата на еврейското население в Беломорска Τракия, Вардарска Македония и Югозападна България през 1941–1944 (Дупница: ИИА Девора-Би, 2004)
И. Хаджийски, Депортацията на евреите от Беломорието, Вардарска Македония и Пиротско и спасяването на евреите от Дупница и Кюстендил, Евреите в Източна Европа и Съветския съюз в годините на Втората световна война и Студената война 1939-1989 (София: УИ Св. Климент Охридски, 2013), 135–151