ההכנות לגירוש בשטחים הכבושים החלו עוד לפני החתימה על ההסכם. הקומיסריאט לענייני יהודים בסופיה תכנן תכנית מפורטת לביצוע הגירוש. למשימה זו גויסו המִנהל האזרחי, הצבא והמשטרה באזור, והממונה על המבצע היה המנהל האדמיניסטרטיבי של הקומיסריאט - ירוסלב קליצין (Yaroslav Kalitsin). בקומוטיני אורגן גירושם של היהודים המקומיים בידי פקיד הקומיסריאט איליה דוברבסקי (Iliya Dobrevski), שהגיע לעיר 10 ימים לפני הגירוש המיועד, כדי לתאם את פעולת הזרועות השונות.
לכידת יהודי קומוטיני החלה בו זמנית עם מעצרם של היהודים בערים אחרות במזרח מקדוניה ותרקיה. על פי הוראת דוברבסקי ומפקד המשטרה המקומית אלכסנדר דנצ'ב (Alexander Denchev), כיתרו חיילים בולגריים את העיר ב-4 במרס לפני עלות השחר. 39 יחידות של שוטרים וחיילים הוציאו את היהודים בכוח מבתיהם ולקחו אותם למחסן טבק שהיה בבעלותו של הסוחר קוצ'ו יונידיס (Kocho Yonidis); לאחר 1941 עבר המחסן לידי הסוחר הבולגרי צ'לבורוב (Chalburov). המחסן נועד להיות נקודת כינוס ליהודים מקומוטיני, וכן ליהודי העיר הסמוכה אלכסנדרופולי (Alexandroupoli), שהובאו לשם למחרת. מיד כשהגיעו למחסן חיפשו בגופם ובמטעניהם, וכל כספם וחפצי הערך שלהם הוחרמו והופקדו בחשבונות סגורים בבנק הלאומי הבולגרי. החיפוש היה אכזרי, ובוצע בידי פקידים אזרחיים ושוטרים.
יהודי קומוטיני נשארו במחסן כיומיים. ב-6 במרס הם הועלו לרכבת ובה 20 קרונות, והיא נסעה לכיוון צפון-מערב, אל הגבול היווני-בולגרי הישן. היהודים היחידים ששוחררו משילוח זה היו 6 משפחות (21 נפשות) שהיתה להן אזרחות טורקית, ספרדית או איטלקית. שני יהודים מקומיים נעדרו מן העיר בזמן הגירוש כי גויסו לפניו לעבודת כפייה בבולגריה. יהודי אחד היה כלוא בכלא המקומי, ואחד מת באתר הכינוס....
И. Хаджийски, Съдбата на еврейското население в Беломорска Τракия, Вардарска Македония и Югозападна България през 1941–1944 (Дупница: ИИА Девора-Би, 2004)
И. Хаджийски, Депортацията на евреите от Беломорието, Вардарска Македония и Пиротско и спасяването на евреите от Дупница и Кюстендил, Евреите в Източна Европа и Съветския съюз в годините на Втората световна война и Студената война 1939-1989 (София: УИ Св. Климент Охридски, 2013), 135–151