Am 12. Mai 1944 verkündete der Kommandant der Schupo (Schutzpolizei) in Athen, dass, nach Maßgabe von Reichsführer SS Heinrich Himmler, "Juden von den Inseln Corfu und Kreta beschleunigt wegzubringen sind". Am Ende bat er um die "Abstellung von zusätzlichem Schiffsraum und der erforderlichen Begleitmannschaft". Er fügte hinzu: "Auf Corfu sind rund 1.600 Juden nach Patras, von Kreta rund 350 Juden nach Piraeus zu verschiffen". Neun Tage später, am 21. Mai, um 5 Uhr morgens, liefen Angehörige der Gestapo von Tür zu Tür in der jüdischen Nachbarschaft Chanias und nahmen die Juden der Stadt fest. Wilhelm Walter, Mitglied der Geheimen Feldpolizei, sagte während Nachkriegsprozessen in Westdeutschland aus: "Unmittelbar vor meinem Urlaub (im Juli 1944) erhielt unsere Einheit den Befehl, Juden aus ihren Wohnungen zu holen. Nachdem die Juden mit wenigen Habseligkeiten aus den Wohnungen kamen, wurden sie zum Sammelplatz geführt und nach Aghia gebracht".
Während einiger Prozessverhöre bezeugte Stabsfeldwebel der Feldgendarmerie Johann Jendges: "[...] Eines Morgens wurden wir zu einer Absperraktion befohlen [...] Zusammen mit Wehrmachtseinheiten, unserem Feldgendarmerietrupp und auch dem anderen Gendarmerietrupp wurde eine Strasse, in der bekannt war, daß dort die Juden wohnten, besetzt und abgeriegelt". Die Juden wurden aus ihren Häusern und durch die Straßen des Viertels gezwungen, bei sich ein kleines Paket mit ihren verbliebenen Habseligkeiten. "Am Ende der Straße waren Wehrmachtsfahrzeuge aufgefahren, auf welche dann die Juden geladen wurden". Etwa 260 Personen wurden festgenommen und nach Aghia gebracht, einem Militärstützpunkt, 10 km von Chania entfernt. Dort hielt man sie acht Tage gefangen. Am 4. Juni wurden sie dann auf LKWs der Wehrmacht gezwungen und über Rethymno nach Heraklion gefahren. In Heraklion wurden sie weitere vier Tage im Gefängnis des alten Venezianischen Forts Makassi interniert. Zwischen dem 21. Mai, dem Datum der Massenfestnahme der Juden von Chania, und dem 8. Juni, dem Datum ihres Transports nach Athen, wurden zudem etwa 15 Juden, die in Heraklion wohnten, festgenommen und ebenfalls in das Makassi Fort gebracht.
Am 8. Juni, zwei Tage nach der Landung der Alliierten in der Normandie, wurden die Juden von Kreta deportiert. Man brachte sie zum Hafen von Heraklion und zwang sie dort auf das Lastdampfschiff "Tanaïs". Auch italienische und griechische Christen, die nach einer versuchten Geiselnahme des deutschen Generals Heinrich Kreipe festgenommen worden waren, brachte man zu den jüdischen Deportierten auf das Schiff. Gegen 8:30 Uhr legte das Schiff ab und fuhr entlang der Kykladen, in Richtung des Hafens von Piraeus. Nachdem das Schiff Santorin passiert und bevor es die Insel Milos erreichte hatte, wurde es am 9. Juni gegen 15 Uhr von dem britischen U-Boot "Vivid", in der Nähe der Insel Folegandros, torpediert und versenkt....